A transposição de 2 a 3 m³/s do rio Itapanhaú, que possui 20 m³/s de vazão, tem sido controversa desde o começo; foi vetada em abril de 2017 por falhas no licenciamento ambiental e retomada no início de 2018.

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As cidades de Bertioga e Guarujá, dentre tantas outras próximas ao rio, frequentemente têm sofrido com faltas d’água em períodos de temporada, e a notícia da possível transposição do rio (causando uma redução no abastecimento de água para a região) não tem sido bem aceita pela população local, que em conjunto com o GAEMA (Grupo de Atuação Especial em Defesa do Meio Ambiente), conseguiram apontar inconsistências no Estudo de Impacto Ambiental realizado pela Sabesp em conjunto com a CETESB.

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Com a nascente localizada no Parque Estadual Restinga de Bertioga, o rio flui para sudoeste desaguando no mar pelo estuário localizado entre e Bertioga e o Guarujá, local com presença de manguezal, que possui papel fundamental para o ciclo de vida de muitas espécies marinhas e terrestres. É conhecida a importância da água salobra (mais salgada que a doce, porém menos salgada que a do mar) para a manutenção dos organismos, e uma alteração no aporte de água doce para o estuário poderia comprometer o balanço natural entre água doce e salgada que rege o ambiente, e seus efeitos são ainda desconhecidos.